En 1553 se funda la primera casa en Andalucía, en Córdoba, poco después ingresaría en la Compañía El P. Fadrique Manrique de Lara, biznieto del primer corregidor; fue el primer oriundo de la ciudad de Málaga en hacerse jesuitas y en 1564 consta la presencia esporádica de jesuitas en Málaga, donde se instalarán en 1572, fundando el colegio de San Sebastián, cuyos edificios perviven (iglesia del Santo Cristo de la Salud, edificio del Ateneo y el de la Sociedad Económica de amigos del País) y dieron nombre a la calle “Compañía”. Una huerta del colegio dio nombre al “Campus” Universitario “Teatinos”. El edificio parece ser diseño del H. Pedro Pérez, que trabajó sobre un boceto de los PP. Valeriano y Villalpando. En su ejecución intervinieron los arquitectos jesuitas Pedro Sánchez, Jorge Zamora, Alonso Matías (que murió al caerse del andamio poco antes de finalizarse la obra), el pintor Andrés Cortés y el tallista Francisco Díaz de Ribero. La residencia de jesuitas se inauguró en 1607, la iglesia en 1630 y las aulas nuevas en 1656. Otra aportación cultural importante fue la historia de Málaga, pues las dos primeras fueron obras sobre ese tema fueron escritas por los jesuitas Martín de Roa y Pedro de Morejón.
La actividad más trascendente que realizaron los jesuitas fue la enseñanza, que abarcaba en 1767 los siguientes niveles: clases de leer y escribir, de gramática latina, filosofía, teología moral y teología escolástica. Además de la enseñanza trabajaron en misiones populares, capellanía de la cárcel, acompañamiento espiritual, etc, hasta que, injustificadamente, fueron expulsados todos los jesuitas de España en 1767. Durante este tiempo unos 200 jóvenes malagueños ingresaron en la Orden religiosa, uno de ellos, Luis de Medina, es el protomártir de las Islas Marianas.
No pudieron regresar hasta 1881 y, desde entonces, menos en el periodo de la disolución antirreligiosa de 1931-1937, han desarrollado su labor jesuitas como los Padres Tiburcio Arnáiz, Ciganda, Francisco Mondéjar, Delius, Lamothe, etc., y un gran número de jóvenes han ingresado en sus filas. Comenzaron utilizando la iglesia de San Agustín, y viviendo, sucesivamente, en calle Beatas, calle Álamos y San Agustín, hasta que en 1913 se trasladaron a la actual Residencia del Sagrado Corazón, en la plaza de San Ignacio, en la mediación de la Calle Compañía. En 1882 se abrió el colegio de San Estanislao de Kostka, en El Palo. Después surgieron otras obras como el Patronato Obrero San José (futura Escuela del Padre Mondéjar y actual CES San José), ICET, Colegio ECOS (Marbella), Colegio Menor San Francisco Javier (El Palo), etc.
